Alcuni studiosi, rifacendosi ad una notizia riportata da Manente, scrittore del XVI sec., fanno risalire la sua fondazione al 1058, per opera dei prefetti Di Vico. Certamente non è la nostra Canepina, quel fundus canapinae di cui si ha notizia nel Chronicon Farfense del 1093, come ampliamente dimostrato da Beniamino Mechelli in un suo intervento alle "Giornate di studio per la storia della Tuscia" organizzate dall'Ente Medievale di Orte nel 1987. E' certo però, che nel 1154 Canepina, insieme ad altri castelli venne acquistata da Adriano IV, divenendo così territorio del Patrimonio di S. Pietro.

Giuseppe Signorelli, in uno scritto del 1927, inviato al Podestà di Canepina, ricorda le principali fonti necessarie per ricostruirne la storia. Succintamente si riportano le notizie tratte dai documenti che lo storico viterbese aveva rintracciato, integrandole, dove necessario, con altre ritrovate consultando vari archivi storici.

L'esistenza di Canepina nel sec. XII è testimoniata da una pergamena del 1174 in cui Cristiano di Magonza, cancelliere imperiale, confermò a Viterbo il castello di Canepina, che pertanto doveva essere già assegnato alla Città, in precedenza.

Da Viterbo, viene data come pegno al rettore del Patrimonio di San Pietro, nel 1332; dal 1341 in poi, Canepina tu retta da Podestà, nominato dal comune di Viterbo. Nel 1365 si ribellò ai viterbesi e si mise sotto la protezioni degli Orsini. Viterbo, però, riuscì a recuperare il castello, e nel sec.XV continuò a nominare il Podestà e il "vicecomes”; ai canepinesi venne imposto l'obbligo di fornire alla citta cereali, frutti e cerchi per le botti.

Il tesoriere del Patrimonio, nel 1432, autorizzò i Canepinesi ad abbattere il castello di Vallerano, ciò che fecero tra le proteste dei Di Vico. Negli ultimi giorni del mese di settembre del 1460, il papa Pio II ritornando dal congresso di Mantova, dopo aver soggiornato alcuni giorni a Viterbo, pernottò a Canepina.

“Arrivammo a Canapina che era già sera e lì passammo la notte. Canapina giace quasi alle falde del monte Cimino, dalla parte dove nasce il sole, ma si trova in una valle tanto scura e profonda che il sole si vede appena. Un torrente che scende dal monte lambisce le mura del borgo. I Colli sono coperti da fitti castagni, che d'estate rendono quel luogo ancora più scuro. Non ci sono quasi altri alberi eccetto qualche noce e qualche melo. Gli abitanti hanno costruito case di legno dove abitano stretti come le api negli alveari, tanto che in una piccola casa abitano più famiglie La coabitazione promiscua fa moltiplicare la gente; il fumo che è tantissimo nelle case, secca i cattivi umori".

Il Papa dormì in una stanzetta non più grande di un letto e, per stare senza fumo, rimase senza fuoco" così scrive lo stesso pontefice. Successivamente, nel 1487, furono riparate le mura di Canepina includendo nella fortezza i borghi ed aprendo tre porte, una nel castello, la seconda verso Viterbo, la terza a S. Sebastiano. Da un atto del 1490, si conosce come allora esistessero le chiese di S. Maria (Collegiata), S. Corona, S. Giovanni, S. Giovenale e S. Maria del Fossatello.